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Le Grand Lucifer

L'origine du SARS-CoV-2, naturelle ou artificielle ?

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Le 17 novembre 2019, le premier cas de ce qui sera nommé le 11 février 2020 "Corona-Virus Disease 2019"1 par l'OMS est rapporté. Une nouvelle souche de coronavirus est vite identifiée : le SARS-CoV-2 pour « Severe Acute Respiratory Syndrome CoronaVirus 2 ». Le centre de cette nouvelle maladie est rapidement mis à jour. Il se situe dans la capitale de la province de Hubei à Wuhan, dont l'épicentre serait un marché grossiste de fruits de mer.

Le monde est sur le point de connaître une épidémie mondiale. Tandis que la science chemine dans l’inconnu ou presque, les médias et les pensées se questionnent. A

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L'origine du SARS-CoV 2, est-elle naturelle ou artificielle ?

 

Révélation

 

 

Créer un virus en laboratoire est faisable. En 2002 des chercheurs sont parvenus à le faire avec un virus de la famille de la Polio. Entre temps, une multitude de virus, et notamment des coronavirus ont été reproduits. Cela dit, pour créer un nouveau virus2, ce n'est pas une mince affaire. Pour cela, il faut déjà partir de virus dont on connaît la séquence d'ADN (l"ensemble des nucléotides) qui le compose ; prendre une partie de la séquence qui nous intéresse sur le Virus 1 ; la coller dans la séquence du Virus 2 pour obtenir au final un Virus 3. Cela peut (sûrement) paraître simple en théorie, mais en génétique le CTRL+C CTRL+V ça n'existe pas et c'est bien plus complexe. On devrait même en fait parler de "re-séquençage" ou de fusion. Car oui, un virus ne peut être créé de toute pièce, comme on l'a vu, il faut deux virus dont on connaît la séquence et surtout suffisamment proches pour avoir une chance que cela fonctionne.

Il y a d'ailleurs une théorie qui circule selon laquelle le Covid-19 serait un re-séquençage d'un coronavirus et du SIDA. En effet, une partie du code génétique du VIHB est présent dans le code du Sars-Cov-2. En revanche, le problème c'est que par rapport au code qui compose le Covid-19, cette séquence est infime. On peut retrouver 8 fois la séquence comprenant « TTAGTT » sur un peu plus de 30 000 caractères de séquence qui compose l’ensemble des nucléotides du Covid-19.

1.jpg

Visualisation de la séquence du SARS-CoV-2 C

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Zoom sur une petite partie de la séquence du SARS-CoV-2

 

Il est ridicule de voir la présence de la séquence « TTAGTT » dans celle du CoViD-19 comme une preuve de manipulation. Au même titre qu'il est ridicule d’accuser un auteur de plagiat pour la présence du mot « crevette » dans un autre livre que le sien. La récursion3 d'un élément dans une suite linguistique, génétique ou mathématique longue n'est pas une preuve de quoi que ce soit. Dans un même domaine, elle est statistiquement inévitable.

Pour mettre en pratique et voir de nos propres yeux à quel point trouver des redondances dans des séquences ADN ou ARN d'organismes complètement différent est commune, il existe des outils comme Blast (ici) qui permet de comparer n'importe quelle séquence de la base de donnée (ici) et d'en ressortir les récursion dans le code par comparaisons.

Pour ma part, j'ai décidé de comparer le SARS-CoV-2 avec des bananes et voici une partie du résultat:

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Nous pouvons voir en vert la séquence que j'ai voulu comparer avec les bananes, en bleu toutes les espèces de bananes qui ont, au moins, une correspondance de séquence et en rouge notre grand gagnant avec une séquence de 24 protéines successives.

À noter : une séquence de 24 protéines, c'est bien plus impressionnant, statistiquement parlant, que 8 fois une courte séquence de 6 caractères. Pourtant même avec notre banane, ce type de récursion n'est pas significatif et rentre de l'ordre du hasard. 

Vous pouvez vous amuser à trouver des correspondances avec tout et n'importe quoi ; et en voyant la complexité du génome du VIH, il y aura de fortes chances de trouver encore plus de correspondances en commençant la recherche depuis ce dernier.

 

"Bon, c'est bien gentil tout ça mais, ce serait possible de créer le SARs-Cov 2 avec un virus de la même famille?"

Les coronavirus, c'est pas nouveau non plus et en 2003 c'est aussi un coronavirus issu d'une chauve-souris qui était responsable du SARs (Le SARs-CoV), épidémie dont l'origine est la province de Hubei, principal épicentre des foyers de Corona-Virus. A cette époque, déjà, deux organismes locaux s’intéressent au problème. Le « Wuhan Institute of Virology » et le « Wuhan center for Disease  Control & Prevention ». On peut d'ailleurs noter la multitude d'articles sur le sujet en 2003 et (pouvons ainsi) voir, dans une publication de juin 2003, une extrapolation sur le potentiel épicentre et les causes d'une future épidémie: 

 

Citation

 

En 2020, cette même équipe séquence le génome d'un nouveau virus trouvé 7 ans plus tôt, le RATG-13-BaCov. A ce jour, RATG13 est le plus proche parent du SARS-CoV-2 (CoViD-19) et partage 96.2% de son génome avec ce dernier. A ce stade, on pourrait se dire que, RATG-13 a tout à fait pu servir, via une manipulation de séquence du génome à l'élaboration du SARS-CoV-2 responsable de l’épidémie du Covid-19. Après tout, 96.2% de similitude du génome, c'est déjà pas mal. De même, pour le SARS-CoV de 2003 avec 76% de gène codant.

En réalité non, les trois virus sont trop différents et pour illustrer ça, il faut observer l'arbre Phylogénétique des coronavirus.

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Arbre Phylogénétique de la grande famille des Béta-coronavirus.

 

On peut voir sur l'image ci-dessus, la grande famille des « BETA-Coronavirus », c'est à dire l’intégralité de la famille des coronavirus d'origine animale et leurs séparations par spécificités. Il nous faut zoomer un peu pour voir ce qui nous intéresse, tout en bas vers la toute dernière branche qui est à peine visible.

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Arbre phylogénétique des Corona-Virus.

 

Sur cet arbre phylogénétique de la famille des coronavirus, on peut voir, en jaune, la famille des SARS-CoV, là où se trouve, notamment, le virus responsable du SARS de 2003. En rouge, plus bas, la famille des SARS-CoV-2, découvert entre 2019 et 2020, responsable de la CoViD-19. On peut déjà écarter toute manipulation du SARS-CoV pour créer le SARS-CoV-2, bien trop différent l'un de l'autre. Il reste RATG13, le plus proche parent du SARS-CoV-2. Mais là encore, 3,8% du génome, c'est énorme. Il faudrait combler bien trop de séquences. Rappelons, à titre d'exemple, que entre l'Homme et le Chimpanzé nous avons 96% de similitudes génétiques. En génétique, même 1% c'est énorme. La probabilité de réussir à réécrire une aussi grande partie du génome du virus est extrêmement faible4.

Il serait donc possible que le SARS-CoV-2 soit une création à partir du RATG13, aussi mince que soient les chances. Mais là encore, le reste coince et on va voir pourquoi.

 

Le SARS-CoV-2 ne se comporte5 pas non plus comme un virus artificiel et pour vérifier ça, il faut se pencher sur la protéine de spicule du Virus

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Les protéines de spicule sont des petites proéminences6 qui permettent au virus de s'attacher aux récepteurs de la cellule qu'il souhaite infecter. Le problème, c'est que chaque récepteur de la cellule est en quelque sorte « codé » et tous les virus ne sont pas capable de décoder un récepteur. Les récepteurs changent selon les espèces, c’est pour cela que les virus ne se transmettent pas entre toutes les espèces. Il faut pour cela que leurs récepteurs soient en quelque sorte codés7 de la même façon. Pour craquer ce code, le virus va utiliser un autre code qui va lui servir de clé8. Ce code n'étant valable que sur des récepteurs du même type, il lui faut donc la bonne clé (Domaine de liaison du récepteur). Chez l'homme, le récepteur est codé par le gène ACE 2 (angiotensin-converting  enzyme 2).D Ce fameux gène ACE 2, on le partage avec un certain nombre d'espèces, comme les cochons ; les chats9 ; les rats ; les singes et les pangolins notamment. Pour nous infecter nous les humains, le SARS-CoV 2 utilise donc une clé compatible avec le gène ACE 2 qui, en quelques sorte, protège nos cellules.

Le hic c'est que cette clé n'est pas optimisée pour l’être Humain et c'est bien ce que l'on s'attend à observer sur un virus naturel. De plus cette clé semble être optimisée pour un autre espèce disposant elle aussi de récepteurs ACE2, le Pangolin. En effet, avec l’état actuel de l’ensemble des connaissances scientifiques produites10, il est fortement envisageable que le pangolin soit  «l'intermédiaire11» qui a permis à RATG13 (en l'espace de 20 à 70 ans12) de trouver l'une des bonnes combinaisons pour infecter les cellules disposant du gène ACE2. Nous voilà donc en face d'un bon candidat au chaînon manquant du passage du virus de la chauve-souris à l'Homme.

 

Cette « clé » que le SARS-CoV-2 utilise n'est vraiment pas optimisée pour l'être humain?

Elle est certes efficace, mais aurait pu l'être bien plus d'après de recherches récentes. Ce qu'on pourrait attendre d'un virus artificiel, c'est, pour des raisons logiques, qu'il soit créé avec une clé se rapprochant, tout de même, le plus possible de la clé optimale, ce qui, encore une fois, n'est pas le cas pour la clé du SARS-CoV-2. Il existe des centaines de clé "optimales" pour l'être humain sur des centaines de milliers de clés différentes. Le SARS-CoV 2 ne dispose pas, heureusement, d'une de ces centaines de clés, car dans le cas contraire le taux d'infectiosité aurait été bien plus élevé.

Pour finir, si l'on pourrait encore douter de l'implication du pangolin dans l’émergence du virus, des recherches et études menées dans la région de Hubei, près de Wuhan, après l'apparition de l’épidémie de COVID-19 ont mis à jour l’existence de deux nouveaux virus circulant au sein de la population de pangolin et utilisant la même clé que le SARS-CoV-2. Ces deux virus étant eux aussi des coronavirus, il est tout à fait possible que RATG13 se soit "servi" dans le patrimoine génétique du pangolin pour créer de nouvelles souches (en mutant) et ainsi permettre à une de ces souches de devenir infectieuse pour l'Homme.

 

 

Conclusion

Récapitulons :

  • Nous avons vu que créer un virus en laboratoire, ce n'est pas impossible.
  • Trouver des similitudes dans la séquence ARN avec d'autres organismes, c'est commun et cela n'a pas de valeur. Ave Banana!
  • Nous connaissons assez bien l’arbre phylogénétique du virus pour comprendre son développement.
  • Les recherches dans le domaine sont appuyées par les épidémies déjà passées
  • Certaines données passées projetaient déjà le scénario actuel.
  • Le Sars-Cov-2 n'est pas spécifiquement bien adapté pour l'être humain, même s'il reste efficace.
  • Et enfin, on comprend déjà un peu comment il est passé d'une autre espèce à l'humain.

Nous pouvons donc en conclure qu'avec toutes les données et les connaissances produites à ce jour, il n'est pas vraiment envisageable que le SARS-CoV-2 soit d'origine humaine. Il a émergé et se comporte5 tout à fait comme le ferait un virus naturel. N'oublions pas que dans la nature, il existe, sûrement, un nombre important de virus que nous n'avons pas mis en lumière, que tous ces virus disposent sûrement d'un patrimoine génétique bien plus vaste que ceux qui sont portés à notre connaissance. L’émergence de nouveau virus entraînant des épidémies au sein de diverses populations est quelque chose de récurrent.

Pour le SARS-CoV-2, même s'il manque, à l'heure actuelle, encore quelques éléments, nous sommes déjà en capacité de retracer une partie du chemin qui a conduit la nature à le créer. Nous sommes en mesure de comprendre son évolution à travers notre histoire contemporaine. Depuis la découverte des premiers coronavirus humains, HcoV-229E (responsable en partie du Rhume) et HCoV-OC43 E dans les années 60 , ce n'est pas moins de sept souches différentes transmissibles à l'homme qui ont été découvertes, dont trois ont été responsables d'épidémies entre 2002 et 2019. Mais c'est bien la première fois que l'on connaît ce scénario avec une telle ampleur.

Le doute pourra persister sur « le patient zéro16» et sur le point d'ancrage du début de cette épidémie, mais en aucun cas, des éléments à notre connaissance pourrait pencher en la faveur d'une création humaine.

Pour finir et si vous le souhaitez voici quelques liens forum sur le même sujet:

Révélation

 

 

Se poser des questions est chose normale. Trouver des réponses, un besoin quasi-vital. Cela dit et surtout dans une telle crise13, il est important d’être capable de raison14.  Si la question d'une origine artificielle du SARS-CoV-2 ne demande pas de réponses coûteuses en terme de temps et de moyens, certaines questions, qui se refusent de voir admettre leurs réponses, sont quant à elles vitales, coûteuses et font perdre énormément de temps en suggérant une vision fantasque d'une réalité qui pourtant, en ces moments, a bien besoin d'être juste15.

 

Références Hors Texte.

 

Carte interactive sur l’épidémie (test, cas, mortalité...) : https://gisanddata.maps.arcgis.com/apps/opsdashboard/index.html#/bda7594740fd40299423467b48e9ecf6

Données du GISAID regroupant le traçage de l’ensemble du génome de la famille des Hcov (et d'autres virus) avec mise à jour quotidienne :https://www.gisaid.org/epiflu-applications/nextflu-app/

Base de réflexion sur la comparaison d'une récursion linguistique face à une récursion au sein d'une séquence ADN : https://journals.aps.org/pre/abstract/10.1103/PhysRevE.52.2939 & https://ieeexplore.ieee.org/abstract/document/1578665

 

Outils:

Sci-Hub ; BlastN ; Persée ; Google Scholar.

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Notes. (insertion chiffre.)

 

 

1: Nom complet de l'acronyme COVD-2019

2: la recombinaison de séquence ARN de virus déjà connue pour en créer un 3ème de la famille.

3: Étude comportant des informations sur la Récursion statistique. Def: Occurrence, répétition.

4: Ce n'est pas impossible, mais l’ensemble des données contextuelles invalide cette hypothèse.

5: interaction du virus avec son environnement. « Comportement » n'est pas spécifique à une volonté.

6: Il s'agit de Glycoprotéines formant une membrane.

7;8: ensemble de brins ARN compatible avec les enzymes du récepteur.

9: bien que les récepteurs du chat soit codés avec des gènes ACE2, une légère variation dans cette dernière empêche le domaine de liaison avec la majorité des virus.

10: Ensemble des connaissances scientifiques produites avant la date du 21/05/2020.

11: Hôte de transfert mutagène : Hôte favorisant la mutation d'un virus dans son environnement. La chauve-souri est le réservoir et le pangolin serait l'intermédiaire permettant au virus de s'adapter et de passer la barrière des éspeces.

12: Les études restent partagé sur l’extrapolation du temps de mutation des Corona-Virus: voir "Pangolin"txt

13: Crise sanitaire mondiale

14: Sens contextuel : La faculté qui permet à l'être humain de connaître, juger et agir conformément à des principes (compréhension, entendement, esprit, intelligence), et spécialement de bien juger et d'appliquer ce jugement à l'action (discernement, jugement, bon sens).

15: Sens contextuel :Qui fonctionne avec précision.

16: La première personne ayant été hôte du SARs-Cov 2 dans l'hypothèse d'une émergence dans un hôte unique.

 

 

 

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Références hors hyper-liens . (insertion lettre)

 

A: Liste des rapports de situation mondiale sur l'épidémie de CoViD-19 mise à jour : https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/situation-reports/

B: Séquence du VIH :https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC115041/ & https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AB052995.1

C: séquence complète du coronavirus 2019-nCoV : https://www.pasteur.fr/fr/espace-presse/documents-presse/institut-pasteur-sequence-genome-complet-du-coronavirus-sars-cov-2

& https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MT482120.1

& Épidémiologie génétique du « hCoV-19 » : https://www.gisaid.org/epiflu-applications/next-hcov-19-app//

D: Études du domaine de liaison et des spicules du SARs-Cov 2 : https://www.nature.com/articles/s41586-020-2180-5

https://www.nature.com/articles/s41467-020-15562-9

https://www.nature.com/search?q=SARs

E: Republication de la découverte du HcoV-229E et du HcoV-OC43 :https://www.nature.com/articles/nm1024

 

 

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